RT-PCR frente a la prueba rápida de antígenos
«Hemos diseñado la prueba para que sea de bajo coste y lo suficientemente sencilla como para que pueda utilizarse en cualquier lugar», dijo Barry Lutz, profesor asociado de bioingeniería de la UW e investigador del Instituto Brotman Baty de Medicina de Precisión. «Esperamos que el bajo coste haga que las pruebas de alto rendimiento sean más accesibles a nivel local y en todo el mundo».
Los resultados iniciales recogidos en el artículo muestran que el kit Harmony tiene una precisión del 97% en los frotis nasales. El kit Harmony detecta tres regiones diferentes del genoma del virus. Si una nueva variante tiene muchas mutaciones en una región, la nueva prueba puede seguir detectando las otras dos. Puede, por ejemplo, detectar la variante omicron, que tiene docenas de mutaciones en la región del genoma que codifica la llamada proteína spike.
Aunque las pruebas basadas en la PCR -o reacción en cadena de la polimerasa- son muy precisas, una limitación clave es que las pruebas de PCR requieren docenas de ciclos de calentamiento y enfriamiento para detectar el material genético en una muestra. La prueba desarrollada por el equipo de la UW evita este problema al basarse en un método similar a la PCR conocido como RT-LAMP, que no tiene los mismos requisitos estrictos de ciclos de temperatura.
¿Cuáles son las diferencias entre las pruebas rápidas y la PCR?
Kalendar R, Khassenov B, Ramankulov Y, Samuilova O, Ivanov KI 2017. FastPCR: una herramienta in silico para el diseño rápido de cebadores y sondas y el análisis avanzado de secuencias. Genomics, 109(4-5): 312-319. DOI:10.1016/j.ygeno.2017.05.005
1191. Pozharskiy A, Kostyukova V, Taskuzhina A, Nizamdinova G, Kisselyova N, Kalendar R, Karimov N, Gritsenko D 2022. Screening a collection of local and foreign varieties of Solanum lycopersicum L. in Kazakhstan for genetic markers of resistance against three tomato viruses. Heliyon.
1188. Yi Yang, Yufeng Mao, Ruoyu Wang, Haoran Li, Ye Liu, Haijiao Cheng, Zhenkun Shi, Yu Wang, Meng Wang, Ping Zheng, Xiaoping Liao, Hongwu Ma 2022. AutoESD: una herramienta web para el diseño de secuencias de edición automática para la manipulación genética de microorganismos. Nucleic Acids Research, gkac417.
1187. Thaenkham U, Chaisiri K, Hui En Chan A 2022. PCR and DNA Sequencing: Guidelines for PCR, Primer Design, and Sequencing for Molecular Systematics and Identification. En: Molecular Systematics of Parasitic Helminths, Springer, Singapore.
Cómo hacer una prueba PCR en casa
Cuando se inicia un brote de una enfermedad transmisible, la respuesta ideal de la sanidad pública es comenzar a realizar pruebas tempranas y rápidas. Esto permite una rápida identificación/rastreo de los casos, un tratamiento rápido y un aislamiento inmediato para evitar la propagación de esta enfermedad. Las pruebas tempranas también ayudan a identificar los contactos de alto riesgo, es decir, cualquier persona que haya estado en contacto con personas infectadas. Así, ellos también pueden ser tratados rápidamente para reducir la intensidad de la propagación. Las pruebas tempranas son cruciales para tratar, aislar u hospitalizar a las personas infectadas, dependiendo de la gravedad de la infección. Las pruebas son una etapa importante en el panorama más amplio de la salud pública para aliviar los esfuerzos, ayudar a los investigadores, la propagación y el contagio de la enfermedad y caracterizar la prevalencia.
Para esta prueba se recoge un hisopo de la nariz, donde hay una alta probabilidad de que haya partículas del virus. Según las agencias, los resultados positivos de las pruebas de antígenos son muy precisos y de alta especificidad. Pero hay una mayor probabilidad de falsos negativos, por lo que los resultados negativos no descartan la infección. Los resultados negativos de la prueba de antígenos deben confirmarse con una prueba PCR; sensibilidad moderada. Esta prueba puede utilizarse como prueba en el punto de atención (POC). Se trata de una especie de prueba rápida, que permite rastrear los casos positivos y aligerar la carga de la actual prueba RT-PCR. Sólo tarda 30 minutos y es más barata.
No con la prueba PCR: Hasta ahora, las normas más estrictas
Las pruebas PCR (reacción en cadena de la polimerasa) son una forma rápida y muy precisa de diagnosticar determinadas enfermedades infecciosas y alteraciones genéticas. Las pruebas funcionan encontrando el ADN o el ARN de un patógeno (organismo causante de la enfermedad) o de células anormales en una muestra.
A diferencia de muchas otras pruebas, las pruebas PCR pueden encontrar pruebas de la enfermedad en las primeras etapas de la infección. Otras pruebas pueden pasar por alto los primeros signos de la enfermedad porque no hay suficientes virus, bacterias u otros patógenos en la muestra, o porque el organismo no ha tenido tiempo suficiente para desarrollar una respuesta de anticuerpos. Los anticuerpos son proteínas fabricadas por el sistema inmunitario para atacar sustancias extrañas, como virus y bacterias. Las pruebas de PCR pueden detectar la enfermedad cuando sólo hay una cantidad muy pequeña de patógenos en su cuerpo.
Durante una prueba PCR, una pequeña cantidad de material genético de una muestra se copia varias veces. El proceso de copia se conoce como amplificación. Si hay patógenos en la muestra, la amplificación hará que sean mucho más fáciles de ver.
La PCR y la rtPCR comprueban la presencia de un patógeno. Otro tipo de PCR conocido como PCR cuantitativa (qPCR) mide la cantidad de patógenos en la muestra. La qPCR puede realizarse al mismo tiempo que la PCR o la rtPCR.